Geschichte der Deutschen Litteratur. Ein Handbuch von Wilhelm Wackernagel. 2. vermehrte und verbesserte Auflage besorgt von Ernst Martin. Schweighauser, Basel 1879–1894 (= Deutsches Lesebuch, 4. Teil)
Sprache und Sprachdenkmäler der Burgunden. In: Carl Binding: Geschichte des burgundisch- romanischen Königsreiches. 1. Band. Engelmann, Leipzig 1868, S. 329–403 Google = Internet Archive, Google
Johann Fischart von Strassburg und Basels Antheil an ihm. Schweighauser, Basel 1870 Google, 2. Ausgabe 1874 Internet Archive = Google
Über den Ursprung und die Entwicklung der Sprache. Academische Festrede gehalten am 8. November 1866 bei der Jahresfeier der Universität Basel. Schweighauser, Basel 1872 e-Helvetica, Google
Das Wessobrunner Gebet (Weissenbrunner-Gebet) und die Wessobrunner Glossen hrsg. von Wilhelm Wackernagel. Schmidt, Berlin 1827 ÖNB-ABO, MDZ München = Google
Kiurenbergii et Alrammi Gerstensis poetarum theotiscorum carmina carminumque fragmenta. Berlin 1827 (Alramus, Der von Kürenberg) ÖNB-ABO, Google, Google
Spiritalia theotisca. Sermonum sex ecclesiasticorum et Orationis dominicae rhythmis expositae fragmenta. Breslau 1827 ÖNB-ABO, Google, Google, Google
Ahtzehen wahtel in den sac! Ein zweckloses d. h. sehr artiges altes Lügenmärchen, an Tag gegeben von Wilhelm Wackernagel. Friedrichsstadt 1828 ÖNB-ABO, ÖNB-ABO, MDZ München = Google, GDZ Göttingen, Google
Tacitus: Germania. Text Übersetzung Erläuterung von Franz Dorotheus Gerlach und Wilhelm Wackernagel. 2 Bände. Schweighauser, Basel 1835–1837
Der Schwabenspiegel in der ältesten Gestalt mit den Abweichungen der gemeinen Texte und den Zusätzen derselben. Band 1: Das Landrecht des Schwabenspiegels. Beyel, Zürich und Frauenfeld 1840 ÖNB-ABO, MDZ München = Google
Altfranzoesische Lieder und Leiche aus Handschriften zu Bern und Neuenburg. Mit grammatischen und lietterarhistorischen Abhandlungen von Wilhelm Wackernagel. Schweighauser, Basel 1846 ÖNB-ABO, Internet Archive, Internet Archive = Google
