Quaestiones Ovidianae criticae. Halle 1835 (Dissertation) Google, Google
P. Ovidii Nasonis Tristium libri quinque et Ibis. Ad libros manu scriptos recensuit, schedis idiographis Nic. Heinsii, Io. Schraderi, aliorum excussis annotavit et praefatus est Rudolphus Merkelius, Saxo. Berlin 1837 Google, Google
P. Ovidii Nasonis Fastorum libri sex. Editore et interprete R. Merkelio. Berlin 1841 Google, Google, Google. Nachdruck Hildesheim/New York 1971
Metrisch-kritische Abhandlung über Apollonius Rhodius. Magdeburg 1844 (Schulprogramm) ULB Düsseldorf, Google
P. Ovidius Naso. Ex recognitione Rudolphi Merkelii. 3 Bände, Leipzig 1850–1851. Zahlreiche Nachdrucke. Zweite, überarbeitete Auflage 1873–1875
Band 1 (1850) Amores. Epistulae. De medic. fac. Ars amat. Remedia amoris. Nachdruck 1855 Google. Nachdruck 1872 Google, Google
Band 2 (1850) Metamorphoses. Nachdruck 1863 Google. Nachdruck 1870 Google
Band 3 (1851) Tristia. Ibis. Ex Ponto libri. Fasti. HalieuticaGoogle
Ein Capitel Prolegomena zu Apollonius Rhodius. Schleusingen 1850 (Schulprogramm) ULB Düsseldorf
Apollonii Rhodii Argonautica ad cod. ms. Laurentionum recensuit R. Merkel. Leipzig 1852 Google, Google, Google
mit Heinrich Keil: Apollonii Argonautica: Scholia vetera e codice Laurentiano edidit Henricus Keil / Emendavit apparatum criticum et prolegomena adiecit R. Merkel. Leipzig 1854 (beruht auf neuer Kollation verschiedener Handschriften, mit den Laurentianer Scholien) Google
Uebersetzung von Odiv, Fasti, B. 1. Schleusingen 1856 (Schulprogramm) ULB Düsseldorf
Aeschyli Eumenides ad codices manuscriptos emendata. Gotha 1857
Zur Aeschylus-Kritik und Erklärung. Schleusingen 1863 (Schulprogramm) ULB Düsseldorf
Abhandlungen für Aeschylus-Studium. Band 1,1, Leipzig 1867 Google
Aeschylus in italienischen Handschriften. Leipzig 1868 Google
Aeschyli Persa. Ad libros mss. de integro aut primum collatos edidit et praefatus est R. Merkelius. Leipzig 1869
Conrad Bursian: Geschichte der classischen Philologie in Deutschland von den Anfängen bis zur Gegenwart. München/Leipzig 1883, S. 882. 943 Internet Archive