Schöpfung und Chaos in Urzeit und Endzeit: eine religionsgeschichtliche Untersuchung über Gen 1 und Ap Joh 12. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1895. (Digitalisat)
Übersetzung des Buches Das vierte Buch Esra in: Die Apokryphen und Pseudepigraphen des Alten Testaments / in Verb. mit Fachgenossen übers. u. hrsg. von Emil Kautzsch, 2 Bände, Mohr (Siebeck) Tübingen 1900.
Israel und Babylonien, der Einfluss Babyloniens auf die israelitische Religion, Göttingen, Vandenboeck und Ruprecht 1903 Internet Archive; Freimann-Sammlung
Reden und Aufsätze. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1913. (Digitalisat)
Die Psalmen, übersetzt und erklärt. 4. Auflage. (Die ersten drei Auflagen des Kommentars verfasste Friedrich Baethgen. Die 4. Auflage ist somit Gunkels ältester Psalmenkommentar.) Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1929; 6. Auflage Göttingen 1986. (Digitalisat)
Einleitung in die Psalmen: Die Gattungen der religiösen Lyrik Israels, hrsg. von Joachim Begrich. 1. Auflage Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1933; 3. Auflage Göttingen 1986. (Digitalisat)
