Geschichte der Einführung des Christenthums im südwestlichen Deutschland besonders in Würtemberg. Tübingen 1837 Google = MDZ München
Kritische Beleuchtung der J. H. von Wessenberg’schen Schrift über die großen Kirchenversammlungen des 15ten und des 16ten Jahrhunderts. Tübingen 1841 Google = MDZ München
Der protestantische Bischof Alexander von Jerusalem, Cyrillus Lukaris und die Tübinger Professoren, oder die alten und neuen Versuche, den Orient zu protestantisiren. In: Theologische Quartalschrift, Tübingen 1843, S. 141–157 UB Tübingen
Der Cardinal Ximenes und die kirchlichen Zustände Spaniens am Ende des 15. und am Anfang des 16. Jahrhunderts; insbesondere ein Beitrag zur Geschichte und Würdigung der Inquisition. Tübingen 1844 Google = MDZ München, zweite Auflage Tübingen 1851 Google = MDZ München
Conciliengeschichte. Nach den Quellen bearbeitet. 7 Bände, Herder’sche Verlagshandlung Freiburg im Breisgau 1855–1874; 2., vermehrte und verbesserte Auflage 1873–1890, Band 5 und 6 besorgt von Alois Knöpfler; mit Band 8 und 9 1887/1890 fortgesetzt von Joseph Hergenröther Oxford, Oxford, Oxford, HathiTrust (California, Columbia, Harvard, Michigan), HathiTrust (California, Chicago, Harvard, Illinois, Minnesota), HathiTrust (California, Harvard), HathiTrust (Michigan)
1840 Ignaz von Longner: Darstellung der Rechtsverhältnisse der Bischöfe in der oberrheinischen Kirchenprovinz, 1840. S. 112–131 MDZ München
1840 Karl Adolf Constantin von Höfler: Die deutschen Päpste, 1839. S. 131–142 MDZ München
1840 Jakob Marx: Der Bilderstreit der byzantinischen Kaiser, 1839. S. 142–144 MDZ München
1840 Bernhard J. Hilgers: Kritische Darstellung der Häresen und der orthodoxen dogmatischen Hauptrichtungen in ihrer genetischen Bildung, 1837. S. 331–349 MDZ München
1840 Ignaz von Döllinger: Muhammed’s Religion nach ihrer inneren Entwicklung und ihrem Einflusse auf das Leben der Völker, 1838. S. 349–364 MDZ München
1840 Johann Nepomuk Müller: Führer durch die erzbischöfliche Dom- und Münsterkirche zu Freiburg im Breisgau, 1839. S. 365–366 MDZ München
1840 Pius Zingerle: Reden über die Buße und Zerknischrung u.s.w. vom heiligen Kirchenvater Ephräm, 1837. S. 507–510 MDZ München
1840 Franz Xaver Schmid: Die gottesdienstlichen Gebräuche der Katholiken, 1839. S. 511–513 MDZ München
1840 Eduard Vogt: Der heilige Franciskus von Assisi, 1840. S. 539–545 MDZ München
1840 Friedrich Carl Meier: Lehrbuch der Dogmengeschichte für akademische Vorlesungen, 1840. S. 622–640 MDZ München
1840 Karl Schrödl: Das erste Jahrhundert der Englischen Kirche oder Einführung und Befestigung des Christenthumes bei den Angelsachsen in Brittanien, 1840. S. 664–677 MDZ München
1841 Vinzenz Seback: Dr. Joseph Pletz. Eine biographische Skizze, 1841. S. 612–616 UB Tübingen
1841 Ignaz Heinrich von Wessenberg: Die großen Kirchenversammlungen des 15ten und 16ten Jahrhunderts in Beziehung auf Kirchenverbesserung geschichtlich und kritisch dargestellt, 1840. S. 616–664 UB Tübingen
1841 Vortrag, das Enlassungsbegehren des Hrn. Antistes Hurter betreffend, 1841. S. 716–721 UB Tübingen
1843 Carl Gottlob Semisch: Justin der Märtyrer 1840/42. S. 141–157 UB Tübingen
1843 William Hickling Prescott: Geschichte der Regierung Ferdinand's und Isabella's der Katholischen von Spanien, 1842. S. 468–478 UB Tübingen
1843 Johann Elieser Theodor Wiltsch: Kirchenhistorischer Atlas, 1843. S. 478–491 UB Tübingen
1843 O’Connell, Daniel: Irland’s Zustände alter und neuer Zeit, Band 1, 1843. S. 667–678 UB Tübingen
1844 Augustin Theiner: Geschichte der Zurückkehr der regierenden Häuser von Braunschweig und Sachsen in den Schooss der Katholischen Kirche, 1843. S. 89–100 UB Tübingen
1844 Johann Baptist Alzog: Universalgeschichte der christlichen Kirche, 1843. S. 102–116 UB Tübingen
1844 Johann Baptist Lüft: Allgemeine Liturgik, 1843. S. 650–658 UB Tübingen
1845 Friedrich Wilhelm Barthold: Geschichte des grossen deutschen Krieges vom Tode Gustav Adolfs ab mit besonderer Rücksicht auf Frankreich, 2 Bde. 1842/43. S. 81–96 Internet Archive
1845 Aurelii Prudentii Clementis Carmina, 1845. S. 96–104 Internet Archive
1845 Medaillen auf berühmte und ausgezeichnete Männer des österreichischen Kaiserstaates; 1. Band, 1844. S. 104–107 Internet Archive
1845 Karl Adolph Constantin von Höfler: Kaiser Friedrich II. 1844. S. 561–566 Internet Archive
1845 Franz Anton Staudenmaier: Das Wesen der katholischen Kirche 1845. S. 566–571 Internet Archive
1846 Johann Friedrich Heinrich Schlosser: Die morgenländische orthodoxe Kirche Russlands und das europäische Abendland, 1845. S. 104–113 DigiZeitschriften
1846 Ignaz von Döllinger: Die Reformation, ihre innere Entwicklung und ihre Wirkungen im Umfange des Lutherischen Bekenntnisses, 1846. S. 448–460 DigiZeitschriften
1846 Joseph Lutz: Chrysostomus und die übrigen berühmtesten kirchlichen Redner alter und neuer Zeit, 1846. S. 511–524 DigiZeitschriften
1846 Alfred Nicolovius: Friedrich Leopold Graf zu Stolberg, 1846. S. 621–630 DigiZeitschriften
1848 John Lingard: Alterthümer der Angelsächsischen Kirche, 1847. S. 110–113 Internet Archive
1848 Leben der Katharina von Medici, 1847. S. 314–325 Internet Archive
1848 Ignaz von Döllinger: Die Reformation, ihre innere Entwicklung und ihre Wirkungen im Umfange des Lutherischen Bekenntnisses, 2. Bd. 1848. S. 645–658 Internet Archive
1848 Die älteren Matrikeln des Bisthums Freysing, 1848. S. 658–658 Internet Archive
1849 Anton Josef Binterim: Pragmatische Geschichte der deutschen National-, Provinzial- und vorzüglichsten Diöcesanconcilien vom vierten Jahrhundert bis auf das Concilium zu Trient, 1848. S. 331–343 Internet Archive
1849 Ferdinand Piper: Mythologie und Symbolik der christlichen Kunst von der ältesten Zeit bis in's sechzehnte Jahrhundert, 1847. S. 343–355 Internet Archive
1850 Die Regesten der Archive in der schweizerischen Eidgenossenschaft, 1849. S. 135–138 MDZ München
1850 August Neander: Antignostikus, Geist des Tertullianus und Einleitung in dessen Schriften, 1849. S. 334–344 MDZ München
1850 Franz Anton Staudenmaier: Die Grundfragen der Gegenwart. S. 580–589 MDZ München
1851 Joseph Feßler: Institutiones Patrologiae, 1850. S. 416–434 DigiZeitschriften
1854 Pirckheimer, Charitas, Der hochberühmten Charitas Pirkheimer, Aebtissin von S. Clara zu Nürnberg, Denkwürdigkeiten aus dem Reformationszeitalter, 1853. S. 147–157 Internet Archive
1855 Georg Martin Dursch: Aesthetik der christlichen bildenden Kunst des Mittelalters in Deutschland, 1854. S. 130–145 UB Tübingen
1855 Ernst von Lasaulx: Der Untergang des Hellenismus und die Einziehung seiner Tempelgüter durch die christlichen Kaiser, 1854. S. 146–153 UB Tübingen
1865 Heinrich Hübsch: Die altchristlichen Kirchen nach den Baudenkmalen und älteren Beschreibungen und der Einfluss des altchristlichen Baustyls auf den Kirchenbau aller späteren Perioden, 1862. S. 327–343 DigiZeitschriften
1838 Tertullian als Apologet. S. 30–82 MDZ München
1838 Wissenschaftlicher Zustand im südwestlichen Deutschland und in der nördlichen Schweiz während des neunten, zehnten und elften Jahrhunderts. S. 201–255 MDZ München
1839 Die Integrität des Briefes Barnabä. S. 50–108 MDZ München
1841 Der Kirchenhistoriker Tillemont. S. 243–273 UB Tübingen
1841 Ueber den Rigorismus in dem Leben und den Ansichten der alten Christen : Ein Beitrag zur Sittengeschichte des Urchristentums. S. 375–446 UB Tübingen
1842 Ueber die Schranken der Lehrfreiheit in der protestantischen Kirche. S. 59–89 Google
1842 Einfluß des Christenthums auf den Gemeinbegriff. S. 519–584 Google
1843 Der protestantische Bischof Alexander von Jerusalem, Cyrillus Lukaris und die Tübinger Professoren, oder die alten und neuen Versuche, den Orient zu protestantisiren. S. 541–616 UB Tübingen
1844 Die Stiftung der Universität Alcala und die Complutenser Polyglotte. S. 222–255 UB Tübingen
1845 Der Protestantismus und das Urchristenthum. S. 175–234 Internet Archive
1845 Ueber die neu aufgefundenen Bücher der Kirchengeschichte Fleury's. S. 331–347 DigiZeitschriften
1846 Ueber die Schicksale der Kirche seit dem Tridentinum. S. 3–54 DigiZeitschriften
1847 Die temporäre Wiedervereinigung der griechischen mit der lateinischen Kirche: erster Artikel: die Verhandlungen vor der Florentiner Synode. S. 50–97 DigiZeitschriften
1847 Die temporäre Wiedervereinigung der griechischen mit der lateinischen Kirche: erster Artikel: zweiter Artikel: die Verhandlungen auf der allgemeinen Synode von Ferrara und Florenz. S. 183–259 DigiZeitschriften
1847 Ueber den gegenwärtigen Stand der pseudoisidorischen Frage. S. 583–665 DigiZeitschriften
1848 Die temporäre Wiedervereinigung der griechischen mit der lateinischen Kirche. Dritter Artikel. Wiederauflösung der Union und Eroberung Constantinopels durch die Türken. S. 179–229 Internet Archive
1851 Die Acten der ersten allgemeinen Synode zu Nicäa. S. 41–84 MDZ München
1851 Entstehung und Charakter des Arianismus. S. 177–223 MDZ München
1851 Die Aloger und ihr Verhältniß zu den Montanisten. S. 564–578 MDZ München
1852 Controversen in Betreff der Synode von Sardika. S. 359–415 UB Tübingen
1853 Papst Liberius, sein Verhältniß zum Arianismus und zum nicänischen Symbolum. S. 261–298 MDZ München
1854 Vincentius Lirinensis und sein Commonitorium. S. 83–126 Internet Archive
1857 Das Anathem über Papst Honorius. S. 3–61 UB Tübingen
1857 Sophronius und Maximus über die zwei Willen in Christus. S. 189–223 UB Tübingen
1858 Die Häresie der Migetianer. S. 86–96 UB Tübingen
1860 Die Wiener Provinzialsynode im Herbst 1858. S. 117–135 UB Tübingen
1861 Gregor VII. und Heinrich IV. zu Canossa. S. 3–36 Internet Archive
1861 Das Concordat von Sutri und sein Bruch durch Kaiser Heinrich V. im Jahre 1111. S. 179–204 Internet Archive
1861 Hat Gregor VII. bei Heinrich IV. um Bestätigung seiner Wahl nachgesucht? S. 411–416 Internet Archive
1862 Kaiser Friedrich Barbarossa und Papst Alexander III. versöhnen sich zu Venedig im Jahre 1177. S. 365–383 Internet Archive
1862 Wie dachte sich Innocenz III. das Verhältniß des Papstes zur Kaiserwahl? S. 603–623 Internet Archive
1863 Papst Gregor IX. und Kaiser Friedrich II.: der Kreuzzug des letztern. S. 252–282 DigiZeitschriften
1866 Zur Geschichte der Aufhebung des Templerordens. S. 56–84 MDZ München
1866 Die Restitution der Colonna's i.J. 1304: zur Berichtigung und Erklärung eines stark corrumpirten Dekrets im Corpus juris canonici. S. 405–414 MDZ München
1867 Das Abendmahl von Leonardo da Vinci: nebst einer lithographischen Abbildung. S. 24–40 MDZ München
1868 Ueber die Lage des Clerus, besonders der Pfarrgeistlichkeit im Mittelalter. S. 86–118 MDZ München
1878 Das Dekret über die Papstwahl von Nicolaus II. i.J. 1059. S. 257–293 MDZ München
Das Sendschreiben des Apostels Barnabas, untersucht, übersetzt und erklärt von Carl Joseph Hefele. Tübingen 1840 Google
Chrysostomus-Postille: vier und siebenzig Predigten aus den Werken des heiligen Chrysostomus; für Prediger und zur Privaterbauung. Dritte, vielfach verbesserte und vermehrte Auflage. Tübingen 1857 MDZ München
Andreas Reichenbach: Zwei Kirchenhistoriker und das Unfehlbarkeitsdogma: Joh. Jos. Ign. von Döllinger und K. J. von Hefele. Magdeburg 1871 MDZ München
Bischof v. Hefele und der Kulturkampf. In: Grazer Volksblatt. Beilage zu Nr. 244, Graz 1874 ÖNB-ANNO
Albert Werfer: Karl Joseph von Hefele, Bischof von Rottenburg. Deutschlands Episcopat in Lebensbildern; IV. Band, II. Heft, Würzburg 1875 MDZ München, Internet Archive
August Hagen: Hefele und das vatikanische Konzil. In: Theologische Quartalsschrift. 123, Rottenburg a. N. 1942, S. 223–252 UB Tübingen
August Hagen: Die Unterwerfung des Bischofs Hefele unter das Vatikanum. In: Theologische Quartalsschrift. 123, Rottenburg a. N. 1943, S. 1–40 UB Tübingen