Zur Physiologie des Fötus. In: Zeitschrift fuer die Anthropologie. 2 (1824), S. 423–483 UB Frankfurt/M.
Ueber die phantastischen Gesichtserscheinungen. Eine physiologische Untersuchung mit einer physiologischen Urkunde des Aristoteles über den Traum, den Philosophen und Aerzten gewidmet. Hölscher, Koblenz 1826 Deutsches Textarchiv, MDZ München = Google
Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtssinnes des Menschen und der Thiere, nebst einem Versuch über die Bewegung der Augen und über den menschlichen Blick. Leipzig 1826 MDZ München
Bildungsgeschichte der Genitalien aus anatomischen Untersuchungen an Embryonen des Menschen und der Thiere, nebst einem Anhang über die chirurgische Behandlung der Hypospadia. Arnz, Düsseldorf 1830 MPIWG Berlin, Google
Handbuch der Physiologie des Menschen. 2 Bände. Hölscher, Coblenz 1833–1838
Über die Compensation der physischen Kräfte am menschlichen Stimmorgan. Mit Bemerkungen über die Stimme der Säugethiere, Vögel und Amphibien. Hirschwald, Berlin 1839 MPIWG Berlin
Über den glatten Hai des Aristoteles, und über die Verschiedenheiten unter den Haifischen und Rochen in der Entwickelung des Eies. In: Physikalische Abhandlungen der Königlichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin. Jahrgang 1840 (1842), S. 187–257 Berlin-Brandenburgische Akademie; Sonderdruck Berlin 1842 Google
Systematische Beschreibung der Plagiostomen. Veit, Berlin 1841 MDZ München, Google
mit Franz Hermann Troschel: System der Asteriden. Vieweg, Braunschweig 1842 Google
Über die Larven und die Metamorphose der Ophiuren und Seeigel. Vorgetragen in der Königlichen Akademie der Wissenschaften am 29. October 1846. Dümmler, Berlin 1848 MDZ München = Google
Über die Larven und die Metamorphose der Holothurien und Asterien. Vorgetragen in der Königlichen Akademie der Wissenschaften am 15. November 1849 und 18. April 1850. Dümmler, Berlin 1850 MDZ München = Google
Über die Ophiurenlarven des Adriatischen Meeres. Gelesen in der Königl. Akademie der Wissenschaften zu Berlin am 16. Januar 1851. Dümmler, Berlin 1852 MDZ München = Google
Über Synapta digitata und über die Erzeugung von Schnecken in Holothurien. Reimer, Berlin 1852 MDZ München = Google
Über den allgemeinen Plan in der Entwickelung der Echinodermen. Gelesen in der Königl. Akademie der Wissenschaften zu Berlin am 19. Februar und 28. October 1852. Dümmler, Berlin 1853 MDZ München = Google
Theodor Ludwig Wilhelm Bischoff: Ueber Johannes Müller und sein Verhältniß zum jetzigen Standpunkt der Physiologie. Festrede zur Feier des Geburtsfestes Seiner Majestät Maximilian II., Königs von Bayern, gehalten in der öffentlichen Sitzung des königl. Akademie der Wissenschaften am 27. November 1858. Weiß, München 1858 Google, Google
Emil Heinrich Du Bois-Reymond: Gedächtnissrede auf Johannes Müller. Gelesen in der öffentlichen Sitzung der Akademie der Wissenschaften am 8. Juli 1858. Dümmler, Berlin 1860 MDZ München = Google
