Die falsche Sanscritphilologie, an dem Beispiel des Herrn Dr. Hoefer in Berlin aufgezeigt. H. B. König, Bonn 1840 Internet Archive, Google
Kalidasae Meghaduta et Çringaratilaka: ex recensione J. Gildemeisteri; additum est glossarium. H. B. König, Bonn 1841. Google
Blendwerke des Vulgaren Rationalismus zur Beseitigung des Paulinischen Anathema. C. Schünemann, Bremen 1841 Google
Beiträge zu dem Bremischen Magazin der Herren Paniel, Weber und Paulus : Nebst einem kritischen Excurs über Paniels Geschichte der christlichen Beredsamkeit. C. Schünemann, Bremen 1842
Zweiter Theil: Die Advokaten des Trierer Rockes. 3 Hefte ULB Düsseldorf
Bibliothecae Sanskritae sive recensvs librorvm sanskritorvm hvcvsque typis vel lapide exscriptorvm critici specimen. König, Bonn (u.a.) 1847.
Amtliches Gutachten der theologischen Facultät zu Marburg über die hessische Katechismus- und Bekenntnißfrage. Elwert, Marburg 1855 Google
Das Gutachten der theologischen Facultät zu Marburg über die hessische Bekenntnissfrage und seine Bestreiter. Entgegnung. H.L. Brönner, Frankfurt a. M. 1859.
Ueber die an der königl. preussischen Universität Bonn entdeckten neuen Fragmente des Macarius. F. A. Brockhaus, Leipzig 1866 Google
Christian Lassen: Anthologia Sanscritica: glossario instructa; in usum scholarum; ed. Christianus Lassen. Denuo adornavit Ioannes Gildemeister. Adolf Marcus, Bonn 1868. Google Neuherausgabe und Neubearbeitung der Ausgabe Bonn 1835.
Bruchstücke eines rabbinischen Ijob-Commentars ; Als Manuscript in einigen Exemplaren. Carl Georgi, Bonn 1874
Idrs, Muammad Ibn-Muammad, al-: Idrîsîi Palaestina et Syria arabice ad fidem librorum manu scriptorum. Georg, Bonn 1885.
Antonini Placentini. Itierarium im unentstellten Text mit deutscher Übersetzung. Hrsg. von J. Gildemeister. H. Reuters Verlagsbuchhandlung, Berlin 1889 Internet Archive
Anton Joseph Binterim: Widerlegung der Schrift: Die zwanzig heil. Röcke der Prof. D. D. Gildemeister und von Sybel. Roschütz, Düsseldorf 1845. Serie: Zeugnisse für die Aechtheit des h. Rockes zu Trier, oder: Widerlegung der Schrift: Die zwanzig heil. Röcke der Prof. D. D. Gildemeister und von Sybel. (ULB Düsseldorf=Lfg. 1, 58 S.; ULB Düsseldorf=Lfg. 2, S. 59-154; ULB Düsseldorf=Lfg. 4, [1] Bl., S. [157] - 166)