Beiträge zur Geschichte von Ravenna in spätrömischer und byzantinischer Zeit. In: Klio 16, 1920, S. 40–71 (Auszug aus der Dissertation). archive.org
Studien zur Geschichte des byzantinischen Reiches vornehmlich unter den Kaisern Justinus II. u. Tiberius Constantinus, Stuttgart 1919 (Habilitation). nbn-resolving.de
Untersuchungen über das Officium der Prätorianerpräfektur seit Diokletian, Wien 1922 (ND Amsterdam 1962).
Zur Erinnerung an L. M. Hartmann. In: Vierteljahrschrift für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte 18, 1925, S. 312–332.
Geschichte des spätrömischen Reiches, Bd. 1: Vom römischen zum byzantinischen Staate (284–476 n. Chr.). Wien 1928 [2. Aufl. Brüssel 1959, in franz. Sprache]; Bd. 2: Histoire du Bas-Empire: De la disparition de l’Empire d’Occident à la mort de Justinien (476–565 n.Chr.). Herausgegeben von Jean-Rémy Palanque. Brüssel/Paris 1949 [ND Amsterdam 1968] – enthält S. VII–XXII Lebensabriss Steins.
Die kaiserlichen Beamten und Truppenkörper im römischen Deutschland unter dem Prinzipat. Mit Benützung von Emil Ritterlings Nachlaß dargestellt von Ernst Stein. Wien 1932 (Beiträge zur Verwaltungs- u. Heeresgeschichte v. Gallien u. Germanien; 1).
Corpus Inscriptionum Latinarum. Volumen XIII. Inscriptiones trium Galliarum et Germaniarum Latinae. Pars VI: Signacula publice laterculis impressa. Edidit E. Stein. Berlin 1933 (Nachdruck 1974)
Opera minora selecta. Herausgegeben von Jean-Rémy Palanque. Amsterdam 1968.
