Theben. Eine Untersuchung über die Topographie und Geschichte der Hauptstadt Boeotiens. Akademisches Antrittprogramm von Ernst Fabricius an der Albert-Ludwigs-Universität zu Freiburg im Breisgau. Mit einer Tafel. Freiburg i. B.: Akademische Verlagsbuchhandlung von J. C. B. Mohr, 1890 UB Heidelberg
Die Entstehung der römischen Limesanlagen in Deutschland. Vortrag gehalten vor der 46. Versammlung deutscher Philologen und Schulmänner in Strassburg am 3. Oktober 1901. Mit einer Tafel. Trier: Verlagsbuchhandlung von Jacob Lintz, 1902 Internet Archive = California-USA* = Internet Archive = Google-USA*
Die Besitznahme Badens durch die Römer. Mit einer Karte. Neujahrsblätter der Badischen Historischen Kimmission. Neue Folge 8. Heidelberg: Carl Winter’s Universitätsbuchhandlung, 1905 Michigan-USA*, California-USA*
Über die Entwickelung der römischen Verfassung in republikanischer Zeit. In: Reden gehalten am 13. Mai 1911 bei der öffentlichen Feier der Übergabe des Prorektorats der Universität Freiburg i. Br. Freiburg i. Br.: C. A. Wagners Hof- und Universitätsbuchdruckerei, 1911, S. 21–39 Princeton-USA*
Die Rasuren bei der Lex Ursonensis. In: Otto Gradenwitz: Die Gemeindeordonnanzen der Tafel von Heraclea. Heidelberg: Carl Winters Universitätsbuchhandlung, 1916, S. 49–52 Wisconsin-USA*
Der bildende Wert der Geschichte des Altertums. Geschichtliche Abende im Zentralinstitut für Erziehung und Unterricht, Sechstes Heft. Berlin: Ernst Siegfried Mittler und Sohn, 1918 California-USA*
Inschriften aus Lesbos. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 9 (1884), S. 83–94 Internet Archive
Alterthümer auf der Insel Samos. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 9 (1884), S. 163ff. Internet Archive und S. 255ff. Internet Archive
Die Skulpturen vom Tempel in Sunion. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 9 (1884), S. 338–353 Internet Archive
Alterthümer auf Kreta. I. Gesetz von Gortyn. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 9 (1884), S. 363–384 Internet Archive
Ueber den Entwurf des griechischen Theaters bei Vitruv. In: Rheinisches Museum für Philologie. 46. Band (1891), S. 337–342 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Zur Geschichte des zweiten athenischen Bundes. In: Rheinisches Museum für Philologie. 46. Band (1891), S. 589–598 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Die Befreiung Thebens. In: Rheinisches Museum für Philologie. 48. Band (1893), S. 448–471 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Archaeologische Untersuchungen im westlichen Kleinasien. In: Sitzungsberichte der Königlich Preußischen Akademie der Wissenschaften zu Berlin. Jahrgang 1894 (II), S. 899–918 Berlin-Brandenburgische Akademie
Das Wahlgesetz des Aristeides. In: Rheinisches Museum für Philologie. 51. Band (1896), S. 456–462 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Der Obergermanisch-raetische Limes des Roemerreiches. Im Auftrage der Reichs-Limeskommission herausgegeben unter Mitwirkung von Friedrich Leonhard von Ernst Fabricius. Heidelberg: Verlag von Otto Petters
Nr. 32: Das Kastell Seligenstadt. Bearbeitet von Ernst Fabricius. 1915 Michigan-USA*
Nr. 40: Das Kastell Osterburken. Streckenkommissar: K. Schumacher. 1895 Michigan-USA*
Nr. 46a: Das Kastell Arnheiter Hof. Bearbeitet von Ernst Fabricius. 1915 Michigan-USA*
Nr. 67b: Das Kastell Oberdorf am Impf. Bearbeitet von Friedrich Hertlein. 1915 Michigan-USA*
